Патогенът е колективен термин за микроорганизми и паразити, които могат да причинят заболяване. Микроорганизмите представляват огромното мнозинство, включително вируси, хламидия, рикетсии, микоплазми, бактерии, спирохети и гъбички; паразитите включват главно протозои и червеи. Патогените са паразитни организми, а естествените гостоприемници паразитизират животни, растения и хора. Има повече от 400 вида микроорганизми, които могат да заразят хората и те са широко разпространени в устата, носа, фаринкса, храносмилателния тракт, урогениталния тракт и кожата.
Всеки може да бъде заразен с повече от 150 вида патогени в живота си. При условие на нормална човешка имунна функция, те няма да причинят заболяване, а някои дори са полезни за човешкото тяло. Например, чревната флора (E. coli и др.) може да синтезира множество витамини. Съществуването на тези флора може да инхибира и възпроизводството на някои по-патогенни бактерии, така че тези микроорганизми се наричат нормална микрофлора (нормална флора). Но когато имунитетът на организма е намален, балансът между хората и микроорганизмите е Когато се разрушава, нормалната флора може да причини заболявания, така че те също се наричат условни патогени (условни патогени). Дали тялото е атакувано от патоген или не, от една страна, е свързано със собствения му имунитет, от друга страна, то зависи и от патогенността на патогена и броя на инвазиите. Като цяло, колкото по-голям е броят, толкова по-голяма е вероятността от заболяване. По-специално, патогените с по-слаба патогенност изискват по-голямо количество, за да причинят заболяване. Няколко микроорганизми са доста патогенни и могат да причинят заболяване с леки инфекции, като чума, едра шарка и бяс.