Има два основни аспекта, единият е структурна протеомика, а другият е функционална протеомика. Нейните изследователски граници са приблизително разделени в три области:
(1) Създават се протеом или подпротеом и неговата група протеом връзки за организми или тъканни клетки, свързани с базата данни на генома или транскриптом, т.е. съставна протеомика.
(2) Извършва се локална протеомика или сравнителна протеомика на важни физиологични и патологични системи или процеси за важни жизнени процеси или основни човешки заболявания.
(3) Да се изследва взаимодействието между протеините чрез различни съвременни технологии и да се картографизира протеините на определена система, т.е. интерактивна протеомика, известна още като "клетъчна атлас" протеомика.
Освен това, със задълбочаването на протеомиката, се появяват някои нови направления за научни изследвания, като субклеларната протеомика и количествената протеомика. Протеомиката е важен изследователски метод за биология на системите.