Протеомиката се фокусира върху динамичното описание на генната регулация, количественото определяне на нивата на протеина на генната експресия, идентифицирането на ефектите на болестите и лекарствата върху жизнените процеси и обяснение на механизма на регулиране на генната експресия. Като наука, протеомиката изследвания не е от нула Първоначално, това е разширение на протеин (пептид) профил и генна технология за картографиране на генни продукти, която е била използвана за повече от 20 години. Пептидът картографирането разчита на двуизмерна гелова електрофореза (2-DE) и по-нататъшен анализ на изображението; и ген Продуктовият профил зависи от различни анализи след разделяне, като мас спектрометрия, анализ на състава на аминокиселините и др.
Поради наличието на променлива редакция и редактиране на РНК, много гени могат да изразят разнообразие от различни протеини. Следователно, сложността на протеома е много по-висока от сложността на генома.
Ако цялата геномна последователност на даден вид е била дешифрирана, това не означава, че протеомът на този вид също е бил дешифриран. Специфичният анализ на протеиновия продукт на ген трябва да се определи чрез пълно изменение и регулиране на нивото на генома, нивото на транскрипцията и нивото на превод.