Тези, които се противопоставят на генетично модифицираната храна, включват широк кръг от групи по интереси, от Грийнпийс до фермери' асоциации към християнски църкви и т.н. Тяхната опозиция е концентрирана в три области:
Първо, генетичната модификация е против природата и следователно вредна. Поддръжниците отвърнаха, че днес културите на&# 39 вече не са примитивни сортове, в противен случай зеленчуците, които хората ядат, трябва да бъдат същите като тревата, която ядат животните.
Второ, след като гените с хербицидна резистентност или токсични функции за унищожаване на вредители са въведени в растенията, храната, която те осигуряват, безопасна ли е за хората? В отговор на това поддръжниците подчертаха, че досега нито една квалифицирана изследователска институция не е намерила доказателства, че генетично модифицираните храни вредят на човешкото здраве, но тяхното дългосрочно въздействие може да се направи само и е трудно да се получат изчерпателни доказателства, които да убедят хората.
Трето, възможно ли е популяризирането на генетично модифицирани растения да прекалено прибързано влияе върху земеделието и екологичната среда? Насърчаването на генетично модифицирани култури, които са устойчиви на хербициди, може да насърчи фермерите да злоупотребяват с хербициди, като по този начин увреждат или дори изчезват някои не-основни култури. Много фермери в развиващите се страни използват такива не-основни култури като допълнителна храна или като фураж. Американската администрация по рибарството и дивата природа откри, че 74 растителни вида са застрашени от въздействието на хербицидите.