Концепцията за протеом за първи път е предложена от Марк Уилкинс. Той се отнася до всички протеини, изразени от геном (геном) или клетка или тъкан. Концепцията за протеом има много различия с понятието геном. Организацията и дори състоянието на околната среда се променят. По време на транскрипция, ген може да бъде сложен в множество иРНК форми. Протеомът не е директен продукт на генома. Броят на протеините в протеом понякога може да надвишава броя на геномите. Протеомиката е в състояние на "ранно развитие". Експертите в тази област отричат, че това е чиста методология. Точно като геномиката, тя не е затворена, концептуална и стабилна система на знание, а поле.
