Високоефективна течна хроматография (HPLC)

Въпреки че двуизмерната гелова електрофореза (2-DE) е често използван метод за анализ на целия протеом, той има ограничения като ограничена способност за разделяне, дискриминационен ефект и сложни оперативни процедури. Често е трудно да се получат задоволителни резултати за анализа на голям динамичен диапазон, ниското изобилие и хидрофобните протеини. Chong et al. използва HPLC/масспектрометрия за сравняване и анализ на диференциалния израз на пре-злокачествени и ракови протеини. Протеинът се разделя с HPLC и събраните фракции са идентифицирани от MALDI- TOF-MS, така че протеинът е количествено анализиран в диференциалния израз на двата вида клетки. Като нов тип технология за разделяне, многомерната течна хроматография не ограничава относителната молекулна маса и изоелектрическата точка. Чрез комбинацията от различни режими, той елиминира дискриминационното въздействие на двуизмерната гел електрофореза. Той има характеристиките на висок пиков капацитет и лесна автоматизация. Двуизмерната йонна обменно-рефазна хроматография (2D-IEC-RPLC) е най-често използваната многоизмерна система за течна хроматография в изследване на протеомиката.