Тези, които се противопоставят на генетично модифицирани храни, включват широк кръг от групи по интереси, от Грийнпийс до земеделски сдружения до християнски църкви и т.н. Тяхното противопоставяне е съсредоточено в три области:
Първо, генетичната модификация е против природата и следователно е вредна. Поддръжниците retort, че днешните култури вече не са примитивни сортове, в противен случай зеленчуците, които хората ядат, трябва да бъдат същите като тревата, която животните ядат.
Второ, след като в растенията се въвеждат гени със устойчивост на хербициди или токсични функции за убиване на вредители, храните, които те осигуряват, са безопасни за хората? В отговор на тази точка, поддръжниците подчертаха, че досега нито една квалифицирани научноизследователски институции не е намерила доказателства, че генетично модифицираните храни увреждат човешкото здраве, но тяхното дългосрочно въздействие може да се заключи само и е трудно да се получат пълни доказателства, за да се убедят хората.
Трето, възможно ли е насърчаването на генетично модифицирани растения да се отразява и на селското стопанство и екологичната среда? Насърчаването на генетично модифицирани култури, устойчиви на хербициди, може да насърчи земеделските производители да претопяват хербициди, което да причини вреда на някои неосновни култури или дори да изчезнат. Много земеделски стопани в развиващите се страни използват такива нехранителни култури като допълнителна храна или като фураж. Администрацията на САЩ за риболов и дивата природа е открил, че 74 растителни вида са засегнати от хербициди и са застрашени.