От 2013 г. няма ясна класификация на генетично модифицираните храни, а различните класификации могат да бъдат направени в съответствие с различни стандарти според практиката.
Според това дали генетично модифицираната храна съдържа като стандарт генетично модифициран източник, тя може да бъде разделена на следните три различни вида:
(1) Генетично модифицираните храни, които не съдържат генетично модифицирани храни, се отнасят до храни, които са получени от генетично модифицирани организми, но самите продукти не съдържат никакви прехвърлени гени.
(2) Генетично модифицираните храни съдържат генетично модифицирани съставки, но техните характеристики са променени по време на преработката и прехвърлените активни гени вече не съществуват в генетично модифицирани храни.
(3) Генетично модифицираните храни съдържат активни генетични компоненти. След като хората ядат такива генетично модифицирани организми или храна, прехвърлените гени и присъщите гени на организмите ще засегнат човешкото тяло.